По устройству поверхности Башкирия распадается на три главные части: Уральскую возвышенность (Горная Башкирия), Предуралье (Западная Башкирия) и Башкирское Зауралье. Уральская возвышенность, простираясь севера на юг, занимает бо́льшую часть восточной половины республики. К северу от широтного колена реки Белой Уральская возвышенность носит кряжевой характер, к югу - возвышенно равнинный. Кряжевая часть Уральской возвышенности состоит из хребтов, возвышающихся до 1000 метров над уровнем океана, и увалов. Отдельные хребты превышают 1500 метров (Иремель-1598, горный узел - Яман-тау - 1656 м). Эти кряжи разделяются горными долинами, то эрозионного, то тектонического, то смешанного тектоническо-эрозионного характера. Долины эти вытянуты в том же направлении, как и кряжи (долины верхних течений Белой, Ая, Сакмары и др.). Поперечные участки долин, промытые поперек простирания хребтов, с востока на запад, - узки, ущелисты. В северной части хребты и кряжи имеют направление главным образом с северо-востока на юго-запад, в южной же части - с севера на юг. Некоторые возвышенности, однако, составляют исключение, как Кара-тау и Уй-таш, являющие пример поперечных хребтов, отрогов главной Уральской цепи. Низкие хребты почти не имеют утесистого (альпийского) вида, почти нет здесь острых вершин, зубцов и пиков; вершины закруглены, кряжеобразны. Такой вид имеют все древние горы, подвергавшиеся долгому действию выветривания и размыва атмосферными водами. Вершины наиболее высоких гор представляют огромные скопления глыб камней. На Урале они имеют названия "камни", "шиханы", "сопки". На склонах гор нередки так называемые россыпи, то есть длинные наносы каменных гор, получившихся в результате векового разрушения гор. Уральская возвышенность гораздо древнее некоторых высоких гор, как например, Альп и Туркестанских хребтов Тяньшаня. По окраинам горы понижены, рассечены, причём на восточной стороне, на горной окраине, часты озерные котловины. Возвышенно-равнинная часть Уральской возвышенности составляет южную оконечность Уральских гор. Это - плато, рассеченное крутыми долинами и возвышающееся над уровнем океана от 400 до 800 метров. Восточный склон Уральской возвышенности, по сравнению западным, более крут, отчего Уральская возвышенность имеет неравносклонный характер, а прилегающие к ней с запада и востока страны различны по рельефу. Хребты, составляющие Уральскую возвышенность, сложены из различных горных пород, относящихся к очень древним эпохам истории земли. Хребет, сложенный из кристаллических сланцев, считается главным, хотя он не принадлежит к самым высоким. Он под названием Урал-тау тянется от гор Таганай, Косотур, Уренга и др. к истокам реки Белой и далее на юг почти до г. Преображенска. Урал-тау на всем своем протяжении служит главной водораздельной линией сначала между Бельским и Обским бассейнами, а затем между Бельским и Уральским бассейнами. У верховьев р. Большого Ика эта водораздельная линия загибается на запад, отделяя все время воды Бельского бассейна от Уральского. В последней части водораздельная линия настолько понижена, что начинается захват реками чужих бассейнов. Есть основание думать, что в дальнейшем р. Белая будет притоком р. Урала. На запад от Урал-тау идут ему параллельно гораздо более высокие хребты, как Иремель, Зигальга и горный узел Яман-тау, сложенные на вершинах твердыми, плохо поддающимися разрушению кварцитами, которые здесь местами переслаиваются с известняками, доломитами и сланцами. Западнее этих великанов Урала идет полоса, направлением с севера на юг, известняков и доломитов. Они моложе предыдущих. Но и между этими породами местами внедряются кварциты, песчаники и сланцы. Во многих местах эти известняки и доломиты прорезаны древними вулканами (на рр. Зилим, База, Инзер и др.). Еще западнее идет полоса известняков, богатых окаменелостями (раковины). Восточнее Урал-тау идет широкая полоса древних изверженно кристаллических горных пород (граниты, гнейсы, порфиры, диабазы, змеевики и др.). осадочные же породы, так же очень древние (известняки, доломиты и пр.), сохранились только в виде узких полос и отдельных островков незначительного протяжения.

К востоку от Уральской возвышенности простирается Зауралье - неширокая полоса увалистых предгорий, а за ней плоская западно-сибирская равнина (75-200 м абс. выс.).

С запада к Уральской возвышенности примыкает Предуралье-холмистая равнина, составляющая западную половину Башкирии.

Левобельская часть этой равнины волнистая и в среднем течении р. Белой имеет общий склон с юга на север, а в нижнем течении - на северо-запад. Невысокие до 460 метров над уровнем моря, возвышенности окаймляют здесь берега рек и, постепенно понижаясь, доходят до р. Белой. На юге Предуралья эти возвышенности представляют собою ряд пологих значительных увалов, в дальнейшем же своем направлении к северу обращаются в высокие междуречные террасы.

Правобельская часть Предуралья имеет общий склон от востока к западу, в частности же к рекам Белой и Каме. Северо-восточный угол Предуралья (Месягутовская область) отличается умеренно-холмистым рельефом. Здесь - обширная терраса, понижающаяся в западном и северо-западном направлениях. Верхний ярус этой террасы на востоке возвышается на 600-800 м над уровнем моря, на юге - от 400 до 600 м и на западе-до 300 м. С запада к этой террасе примыкает обширное плоскогорье - Уфимское плато, изрезанное глубокими оврагами, круто обрывающееся у берегов рек. Уфимское плато является древнейшей твердой плитой земной коры. Плита эта выдвинулась еще до образования Уральских гор, которые позднее при своем образовании как бы обходили эту плиту, образуя дугу, выпуклостью к востоку. Северо-восточно-южная часть этого плато несколько смята горообразовательными процессами и превращена в холмистую террасу. К западу эта терраса переходит в умеренно - холмистую местность (собственно Уфимское плоскогорье), которая еще западнее переходит в плоскую возвышенность с падением на юго-запад. Уфимское плато входит большей частью в Месягутовскую область, частью в восточную часть Бирской и частью в северную часть Уфимской областей.

К западу от р. Уфы простирается плоская возвышенность, которая становится сильно волнистой к востоку, юго-востоку и югу, с уклоном крекам Уфе и Бири. На западе эта возвышенность переходит в Пританыпскую низменность, за которой. Между реками Таныпом, Буем, Камой и Белой, - равнина с общим склоном к Каме и Белой (западный угол правобельского Предуралья).

В восточной части Предуралья простирается полоса конгломератов и песчаников, богатых растительными остатками. На западе с последними граничат гипсы, мергеля и песчаники. Все эти породы, чем дальше на запад, тем все моложе и моложе по времени происхождения. Но все они относятся к палеозойской эре, то есть к самым древним эпохам в истории земли.

Все горные породы, слагающие земную кору в пределах Башкирии, имеют различную устойчивость по отношению к размывающей деятельности воды.

Изверженные породы, кристаллические сланцы, кварциты и песчаники - наиболее стойкие породы в этом отношении, а поэтому в местах их распространения грунтовые воды не произвели значительных подземных пустот.

Известняки, доломиты и гипсы сравнительно легко поддаются размывающему действию воды. Поэтому среди этих горных пород очень часто во многих местах Башкирии и встречаются провалы, воронки и пещеры, а также и подземные реки.

Среди известняков и доломитов в настоящее время известно в республике до тридцати пещер. Из них самые замечательные следующие:

1) Каповая (Шульган) на р. Белой в 25 верстах ниже дер. Мендягуловой. Эта пещера в три этажа; имеет залы огромных размеров. В пещере два озера и речка. Общая протяженность всех ходов до десяти верст. В пещере найдены старинные лестницы, доски с вырезанными фигурами.2) Лаклинская пещера на р. Ай, у дер. Анаклы. Она имеет четыре огромных грота с прекрасными известковыми сталактитами и сталагмитами.3) Серпиевская и 4) Никольская на р. Юрезани.5) Ледяная сталактитовая на р. Аскин. В этой пещере огромный зал в 10000 кб.саж. С громадными ледяными столбами и известковыми сталактитами (пещера с вечным льдом).

Из подземных рек наиболее значительные - Сим и Сиказа, идущая под землей две версты у дер. Макаровой.

В полосе распространения гипсов пещер также очень много. Большинство этих пещер имеет значительные размеры; они разветвляются внутри гор, стены их покрыты сталактитами, а дно, состоящее из пласта глины, под которым находится гипсовая порода, часто загромождено обрушившимися каменными глыбами. В некоторых пещерах слышится постоянный гул, как бы от текущего вблизи потока, и встречаются довольно большие озера. Две пещеры находятся под г. Уфою: одна по правую, другая-по левую сторону р. Белой. Большая пещера находится в горе Амазе-тау, по р. Симу, в 30 верстах от его истока; по преданию, в ней во время башкирского восстания скрывались от русских властей башкиры. Несколько обширных пещер находится в горах, окаймляющих правый берег р. Белой; они простираются на несколько десятков сажен и представляют целые лабиринты. Замечательна по пещерам дер. Курманаева. Здесь, по течению речки Аургазы, расположена холмистая местность со слоями гипса; на поверхности ее множество широких трещин и провалов в виде воронки, по которым стекает дождевая и снеговая вода; внутри же эти трещины и провалы переходят в мрачные пещеры, соединенные между собою искривленными галереями. Из одной такой трещины струится ток холодного воздуха, и с такой силой, что брошенные в трещину песок или снег стремительно выбрасываются вверх. В одной из этих пещер находится небольшое озеро, из которого местные жители берут воду, так как в речке Аургазе вода горькая.

Кроме того, в гипсовых отложениях очень много провалов и воронок. Сплошные массы разных пород гипса под действием воды выщелачиваются, и тогда являются воронки и провалы и даже оседание значительных площадей. Оседание почвы совершается постепенно и медленно, но с воронками и провалами бывает иначе; иногда в одни сутки образуются огромные воронки, в которых скрываются деревья, дома; и бывали случаи, когда проваливались лошади и люди. По линии Самаро-Златоустовской жел. Дороги можно наблюдать во многих местах эти воронки, как, например, не доезжая ст. Юматово. Тут имеется целая группа воронок, и они испещряют поверхность земли. Отдельные громадные воронки почти на каждой версте можно видеть на участке той же дороги от г. Уфы к ст. Ураково.