Мулдак-Куль расположен на водоразделе рек Янгелька и Малый Кизил.
Климат умеренно-континентальный. Зима умеренно холодная; средняя температура января −12° С. Лето теплое; средняя температура июля 18° С. Осадков около 350 мм в год. Погода преобладает сухая с годовой продолжительностью солнечного сияния 2100 часов.
Озерная котловина округлой формы с симметричным строением снивелирована донными отложениями мощностью 25 м. По пологим берегам озера растут солелюбивые редкие растения: солерос, бескильница. Лес редок из-за обилия соли. Высокая соленость воды препятствует развитию пресноводных видов гидробионтов, в том числе и ихтиофауны, за исключением некоторых видов насекомых.
Перераспределение компонентов минерализации в условиях испарения с водной поверхности, вынос органических и минеральных веществ с водосбора, отсутствие лесов вокруг озера формируют условия для отложения илов. Сплошные отложения илов начинаются в 100 м от берега, общий объем достигает 1 млн т. В некоторых местах по берегам и на дне имеются большие запасы соленых целебных черных грязей, используемая санаториями Башкортостана (на основе этих грязей открыт санаторий «Яктыкуль»).
Горько-соленая рапа озера Мулдак-Куль, издавна используется местными жителями для лечения кожных заболеваний, относится к сульфатно-хлор-магниево-натриевому типу озерных вод, содержание магния (25 мг/л), сульфатов (20 мг/л). Климатотерапия, грязелечение (общие, местные аппликации, грязевые тампоны), бальнеотерапия (радоновые, ароматические и морские ванны), аппаратная физиотерапия, ручной, подводный и гинекологический массаж, ингаляции, психотерапия, фитотерапия, спелеотерапия, лечебная физкультура.